После добавления HDD диска проблемы с загрузкой системы.

[Aalexeey]

в момент загрузки успевают определиться только два диска в портах 3Gbit

Там в BIOS должен быть таймер на загрузку/приветствие (это простым языком), можно поставить например 4секунды, и ещё отключить быструю загрузку, если есть такая опция (должна быть). SATA III всё таки значительно лучше SATA II, особенно если появится SSD.