Звук заедает и потом пропадает вовсе, но лишь в некоторых приложениях.

[Антон Валерьевич]

Давайте попробуем удалить xneur.

Код Выделить Развернуть

apt-get remove xneur gxneur libxneur
Перезагрузитесь и проверьте будет ли заикаться звук.
Если будет, вернёте всё на место

Код Выделить Развернуть

apt-get install xneur gxneur libxneur
Если она устраняет заикание, то ,возможно, она же и вызывает.

По вашему настоянию удалил. Причём НЕ uninstall, а purge. Как я и предполагал всё осталось по-прежнему лишь стало менее удобно пользоваться компьютером.
Аналогично с xneur заикание устраняет и скайп своими всплывающими сообщениями о различных событиях. Его тоже удалить ? 

Я лично не вижу никаких проблем с альсой.
Так как вы не хотите обновляться до wheezy, может быть всё-таки вы загрузитесь в oldstable live?

Код Выделить Развернуть

http://cdimage.debian.org/mirror/cdimage/archive/6.0.7-live/i386/iso-hybrid/debian-live-6.0.7-i386-gnome-desktop.iso
Если звук и там будет заикаться, то нечего копать, нужно писать багрепорты. Альса могла "сломаться" после какого-нибудь обновления. Прожгите *.iso на dvd болванку и загрузитесь с неё.

Вот загрузился я с Живого КД (Wheezy)). Только проверить НЕ на чем. Там программы-то почти отсутствуют. А стандартные системные звуки у меня и в системе вполне успешно работают после перезагрузки.
Я заметил, что видеоролики во ВКонтакте воспроизводились, а музыка - нет. Любопытно, что после загрузки в своей обычной системе я заметил то же самое. Музыка во ВКонтакте перестала воспроизводится даже сразу после перезагрузки моей обычной ОСи.

Установил я себе и DEADBEEF. Играет. Виснет реже, чем Audacious. Однако заикание и в нём проявляется - стоит лишь остановить воспроизведение или попытаться запустить музыку из другого списка композиций. Например, у меня в первом списке стоит ссылка на одну станцию вещания в прямом "эфире", на второй вкладке другая станция, в третьем списке третья ссылка. Вещает одна из ссылок. При попытке начать воспроизведение другой ссылки проявляется заикание последнего обрывка звука вплоть до начала вещания другой станции.
Вообще заикание всегда проявляется при прерывании какого-либо звукового действия: завершаю разговор в linphone - заикание; завершаю разговор в скайпе - заикание; завершаю воспроизведение звуков в audacious, deadbeef - заикание. Причём завершение действия может быть НЕ по моей инициативе, а какой-то сбой в программе, например, в audacious. И вот после такого сбоя некоторые программы начинают заикаться стабильно, некоторые вовсе НЕ воспроизводят звук, а некоторые продолжают работать. но с заиканием в конце.
И audacious, и DEADBEEF, и просмотр фильма в VLC могут длится долго без сбоя. Но стоит лишь начать пользоваться компьютером в нормальном режиме - переключая приложения, когда они работают несколько одновременно и в какой-то момент происходит этот сбой. Если же ОСь используется в примитивном "однозадачном" режиме, то сбой НЕ проявляется (исключение - недавно обнаруженная беда с воспроизведением звукозаписей во ВКонтакте, хотя раньше оно вполне успешно работало как и прочие программы, до вот этого непонятного сбоя, который я уже более 10 раз описал).

Открыть содержимое (спойлер)

Я очень устал от линуксов. Это ведь мы только звук обсуждаем, а у меня такой кривизны в системе... на каждом щелчке мыши. Моё терпение заканчивается, к моему сожалению. Очень хочется вернуться в безглючный "глючный Windows".

[свернуть]

Дополнение: А сейчас звукозаписи во ВКонтакте воспроизводятся. Я уже ничерта НЕ понимаю с этим барабашкой!

[Sergei_Alekseev]

Я сегодня поставил gxneur и у меня звук стал заикаться. 
http://metafight.ru/files/skips.mp3
Я вам давал ссылку на oldstable live, чтобы вы загрузили с диска такую же систему, как у вас установлена.
Вы можете установить нужные программы в live, просто их не будет при следующей загрузке 
Хотелось бы услышать как у вас звук заикается.