парочку простейших советов:
если у вас открыт ssh, то запретить прямой доступ root через него.
в /etc/ssh/sshd_config поправить PermitRootLogon Yes на No и перезапустить sshd. будете подключаться к серверу по ssh в качестве пользователя, а потом уже с помощью su переходить в рутовский консоль.
так же нужно у пользователя отобрать права sudo. всё это делается для того, чтобы вас не сбрутфорсили, и если всё-таки сбрутфорсили пользователя, чтоб у него не было рутовских прав.
по базе данных рекомендую ограничить подключения до тех хостов, которые к нему заведомо подключаются. то бишь если к вашей БД подключается только ваш веб-сервер, находящийся на том же хосте, то нужно ограничить подключения до локалхоста. сделать это можно как и с помощью настроек самой БД, так и с помощью iptables/другой брандмауэр.
В общем, всё довольно специфично и зависит от конкретных условий и требований.
