Почитайте про релизы дебиана. В кратце и в общих чертах - софт проходит длительную проверку на наличие багов и уязвимостей, прежде чем попадет из экспериментальных репов в репы тестинга. Когда мэйнтейнеры посчитают, что в репах количество известных багов сведено к минимуму, то "замораживают" репы тестинга (прекращают прием новых пакетов), и объявляют их репами нового стэйбла. Отныне в репы нового стэйбла попадают лишь обновленные пакеты, исправляющие критические баги, обнаруженные позднее релиза.
Так вот, релиз дебиана - крайне медленный процесс, сейчас стараются придерживаться 2х летнего цикла. Естественно за это время тот же мускуль выпустит новую версию, которую без веских причин мэйнтейнеры не добавят в репы, поскольку весь софт в репах стабильной ветки тестируется очень долго и тщательно, к тому же ещё нужно проверить совместимость с остальными зависимостями. Это касательно вопроса почему в репах именно эта версия.
Касательно разницы в версиях условного мускуля - читайте описания к версиям этого мускуля, какие баги он лечит, какие новые фичи он реализует. И если от новой фичи в новой версии не зависит ваше "долго и счастливо", то не стоит гнаться за новейшими версиями. Потому что с новыми фичами могут прийти и новые баги и уязвимости.