Как очистить Debian?

[ChubaDuba]

Я тут подумал, что мне проще будет доставить нужное, чем вырезать ненужное.

Так и есть.
Быстрее всё снести и поставить заново.
Ставите минимальный набор с netinstall, нужно почитать что такое рекомендованные пакеты, как настроить apt. Потом устанавливаете весь необходимый вам софт.

[Листик]

Смотреть /var/log/apt/history.log
Там можно найти подробную информацию о всех установленных пакетах с зависимостями.
Проверить /etc/cron.daily, /etc/cron.mounthly, /etc/cron.hourly, /etc/cron.weekly. Все ли вам нужно?
В консоли rcconf от рута: отключить лишние службы.