Paper, Не делайте этого.
Всё правильно, при установке Bumblebee не нужно вводить/использовать "nvidia-xconfig" и т.д.
Bumblebee использует свой xorg...
Смысла в использовании NVIDIA X Server Settings нету. У вас основная графика Intel Graphics, nvidia используется только при использовании optirun команда.
Для настройки Intel графики лучше создать файл /etc/X11/xorg.conf.d/20-intel.conf и там вносить изменения. Для nvidia есть файлы настройки тут /etc/bumblebee/.