емнип по дефолту при наличии нескольких шеллов в хистори пишется только первый. есть возможность писать и все сессии, но получается каша. есть (был ранее, по крайней мере) костыль, который создает для каждой сессии отдельный .bash_history.
по идее должно быть достаточно перезапустить эмулятор, но если не получаться, то попробуйте перелогиниться. у меня HISTCONTROL=ignoreboth работает нормально, дублей не наблюдается.
ну и на всякий случай, не оскорбления для, а уточнения ради, вы же в хомяке правите .bashrc?
