В интернете информации полно касательно qemu, а это как для ознакомления
http://xgu.ru/wiki/QEMU. Суть в том, что запустив установку из-под qumu, указав целевой носитель - флешку, установить grub в любое другое место
просто не возможно, т.к. процесс установки в этом случае будет иметь доступ только к cd/dvd-приводу или как вариант iso образу(память) и флешке и не более. Это равносильно тому, что установка происходит на флешку как на жесткий диск в песочнице уменьшая при этом ошибки установщика что-то не туда-то установить, речь о grub.
Команды для qume windows версии (есть и для других ОС, кросс платформенное приложение) выглядят так:
Установка различных ОС:
qemu-system-x86_64.exe -L . -boot d -cdrom d:\distrib\disks\winXP\ru_winxp_pro_with_sp3_vl.iso -hda //./PhysicalDrive1
qemu-system-x86_64.exe -L . -boot d -cdrom d:\distrib\debian\dvd64\debian-6.0.7-amd64-DVD-1.iso -hda //./PhysicalDrive1
qemu-system-x86_64.exe -L . -m 600 -hda //./PhysicalDrive1 -cdrom d:\distrib\debian\dvd64\debian-6.0.7-amd64-DVD-1.iso
/////////////////************А это уже из версии linux***************************
qemu-system-x86_64 -L . -boot c -m 600 -smp 2 -hda //./PhysicalDrive1 qemu.dsk -boot c -hdb //./PhysicalDrive0
qemu-system-x86_64 -L . -m 600 -boot c -hda //./PhysicalDrive1 -hdb //./PhysicalDrive2
//./PhysicalDriveX в linux нужно заменить на
/dev/sdaX. Повторюсь, в интернете полно информации на эту тему.
Filin, в вашем случае, снова же предположения, grub установился в mbr жесткого диска, видимо установщик нашел по соседству windows. И возможно, действительно linux "грузился", но вот загрузиться с флешки на другом компьютере, предполагаю, не удалось бы (грош-цена такой загрузочной флешке). Точно также, загрузится именно с флешки без жесткого диска (а скорее всего даже и с ЖД) на этой машине тоже не получилось бы. В противном случае, если бы все прошло как нужно, при загрузке вам надо было бы выбрать в bios носитель - флешку и тогда пошла бы загрузка linux. Можно даже прописать пункт загрузки linux в виндовый загрузчик на ЖД с ссылкой на grub флешки, и в свою очередь на флешке в grub'е ссылаться на загрузчик ЖД. Никто кроме вас не знает как происходила установка, и что вообще предполагалось на выходе. Но даже если вы установите debian на флешку, даже с последующей оптимизацией флешка будет быстро ушатываться, т.к это не live, который в памяти.
Посему, мое скромное мнение не обессудьте, ставьте debian на ЖД как и советовали уже. Выкройте 20-30 ГБ места на отдельный раздел. А свое время постарайтесь потратить с пользой на создания live носителя, который сэкономит вам время и нервы в будущем. Всю важную информацию, семейные фото и т.п.

продублируйте или позаботьтесь о ее сохранности.
Если вы хотите ушатывать флешку, то можно пере-установить grub даже без live-носителя в вашем случае, т.к. grub грузиться с ж.д в rescue mode.. Ссылку я вам дал выше, в конце, раздел
Восстановление в rescue mode там все описано. Делайте все вдумчиво и осторожно, команды выпишите себе на бумажный носитель информации, на память сильно надеяться не стоит. Записываете свои команды и сообщения grub'a и системы, показывайте их здесь.