В терминале супер пользователя устанавливаем пакет ntpdate
apt install ntpdate
Сверяем время с сервером точного времени
ntpdate-debian
При необходимости произведем смену часового пояса через
tzconfig
или лучше
dpkg-reconfigure tzdata
тут все по-русски, выбираем необходимое.
Редактируем файл /etc/default/rcS
nano /etc/default/rcS
заменяем UTC=yes на UTC=no, если такой строки нет, добавляем внизу и выполняем
/etc/init.d/hwclock.sh restart
После этого можно перезагружаться в Windows, время не "убегает".