установка нескольких сайтов на сервер.

[ihammers]

все оказалось проще пареной репы. теперь вопрос следующий: на серваке 3 сайта первый лежит в директории по умолчанию /var/www там еще 1с решил не переносить от греха подальше, 2 других сайта положил в /home прямо в корень - это нормально, или же лучше класть сайты в какой нибудь другой каталог? получилось так /home/user/site2/www/ и /home/user/site3/www/ два сайта открываются из вне отлично а один откоывается медленно и как то очень случайно (захотел открылся, а захотел и нет) есть какие нибудь мысли у кого. функционал сайтов одинаковый бесплатные cms для сайтов визиток. наворотов практически никаких

Если не используете cgi (fastcgi) скрипты, то неважно, но лучше держать всё в одной иерархии. 
Смотрите логи той cms в которой наблюдаются проблемы.
 
Этот сайт прописан в DNS?  Или только в локальном hosts файле?  Если в DNS, то используйте traceroute, dig и другие программы с различных машин, чтобы установить проблему.

[appletver]

Победа, проблема была в DNS

[appletver]

Какие права лучше поставить на папки в которых распологаются сайты?

[ihammers]

Какие права лучше поставить на папки в которых распологаются сайты?

Для разных задач разные права.  Нет идеальных решений в данном вопросе.

[appletver]

Это мне понятно, к серваку доступ только у меня. Правана папки, для того чтобы обезопаситься извне.

[lisss]

Чтобы обезопаситься из-вне права на паки не помогут. Нормальные скрипты, httpd.conf и .htaccess спасут отца ру... ну вас, в смысле...