Русскоязычное сообщество Debian GNU/Linux

Добрый день!
Сегодня обновлялся с 11 до 12 и столкнулся с проблемой - когда после sudo apt upgrade обновление дошло до

--2024-01-19 13:25:44--  https://ftp.wwpdb.org/pub/pdb/data/monomers/components.cif.gz
Распознаётся ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)... 128.6.159.186
Подключение к ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.159.186|:443...

процесс остановился. Раз за разом попытки безуспешны, установка дальше не идёт.
Сейчас даже команда sudo dpkg --configure -a упирается в то же безуспешное подключение.
Несмотря на прерванное обновление, как-то обновился до 12 версии, сейчас у меня она.

Как я это понял, где-то в добавленном репозитории ссылка неправильная?
И как такое предотвратить - хочу на ноуте тоже обновить систему.

Проверьте доступность и сами ссылки https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites

Цитата: koshak83 от 19 января 2024, 13:55:44Проверьте доступность и сами ссылки https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites

У меня с ними проблемы, видимо из-за ftp.
Через браузер тоже не открыл.
Я пробовал установить ftp (sudo apt install vsftpd), но пока что не могу, так как dpkg была прервана, а вручную «sudo dpkg --configure -a» не запускается, доходя до подключения к ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.159.186|:443... 
Какой-то замкнутый круг.

Цитата: nos от 19 января 2024, 14:25:07

Цитата: koshak83 от 19 января 2024, 13:55:44Проверьте доступность и сами ссылки https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites

У меня с ними проблемы, видимо из-за ftp.
Через браузер тоже не открыл.
Я пробовал установить ftp (sudo apt install vsftpd), но пока что не могу, так как dpkg была прервана, а вручную «sudo dpkg --configure -a» не запускается, доходя до подключения к ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)|128.6.159.186|:443... 
Какой-то замкнутый круг.

Попробуйте Filezilla зайти на данный ftp. Если и через нее не зайдет, скорее всего сервис недоступен/фаерволл/доступ с вашего IP заблокирован или нужна аутентификация для доступа.

Спасибо, попробую.
А какие варианты решения будут, если доступа нет? Сейчас проблема в том, что я ничего не могу установить, так как работа dpkg была прервана, а по новой я его не могу запустить как раз из-за этой ссылки.
Мне в общем-то не критически нужно то, что система по ней хочет обновить. Можно пропустить как-то этот пункт в обновлении? Или где-то "руками вырезать" её?

Цитата: nos от 19 января 2024, 13:27:13Подключение к ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)

А какое отношение к дебиану имеет этот ftp-шник?
Он есть в /etc/apt/sources.list ? Если да, то откуда?

Цитата: nos от 19 января 2024, 15:05:58Спасибо, попробую.
А какие варианты решения будут, если доступа нет? Сейчас проблема в том, что я ничего не могу установить, так как работа dpkg была прервана, а по новой я его не могу запустить как раз из-за этой ссылки.
Мне в общем-то не критически нужно то, что система по ней хочет обновить. Можно пропустить как-то этот пункт в обновлении? Или где-то "руками вырезать" её?

По данным 2ip.ru (https://2ip.ru/site-availability/) сайт ftp.wwpdb.org сейчас недоступен.

Нидерланды   7001 мс   -   недоступен
Германия   7000 мс   -   недоступен
Великобритания   7002 мс   -   недоступен
США   7001 мс   -   недоступен
Сингапур   7001 мс   -   недоступен
Россия   7000 мс   -   недоступен

Не проще ли удалить данный репозиторий?

Цитата: RoDoN от 19 января 2024, 15:25:50

Цитата: nos от 19 января 2024, 13:27:13Подключение к ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)

А какое отношение к дебиану имеет этот ftp-шник?
Он есть в /etc/apt/sources.list ? Если да, то откуда?

Сейчас у меня соурслист такой:

---

# See https://wiki.debian.org/SourcesList for more information.
deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm contrib main non-free non-free-firmware

deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-updates contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-updates contrib main non-free non-free-firmware

deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-proposed-updates contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-proposed-updates contrib main non-free non-free-firmware

deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-backports contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-backports contrib main non-free non-free-firmware

deb https://security.debian.org/debian-security/ bookworm-security contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://security.debian.org/debian-security/ bookworm-security contrib main non-free non-free-firmware

---

Вообще этот адрес, полагаю, как-то связан с dssp. Я сам с программой не работал, это софт для биологии, обработки информации о белковых молекулах, если точнее. Есть в базовом репозитории Убунты, насчёт Дебиана- вроде нет.
https://laramatic.com/how-to-install-dssp-on-debian-ubuntu-kali-fedora-and-raspbian/
Его недавно на компьютер ставили, вероятно, он и может как-то быть связан с базой данных по протеинам, на которую идёт эта ссылка.
Больше ничего в этом направлении в голову не лезет.
Только, опять же, мне его не удалить, так как dpkg поломался, по сути, а без него я не знаю, как с пакетами разобраться.

19 января 2024, 16:37:41

Цитата: dzhoser от 19 января 2024, 16:27:46Не проще ли удалить данный репозиторий?

В source.list его нет, может попробовать оставить только main'ы без non-free?..

Цитата: nos от 19 января 2024, 16:33:26

Цитата: RoDoN от 19 января 2024, 15:25:50

Цитата: nos от 19 января 2024, 13:27:13Подключение к ftp.wwpdb.org (ftp.wwpdb.org)

А какое отношение к дебиану имеет этот ftp-шник?
Он есть в /etc/apt/sources.list ? Если да, то откуда?

Сейчас у меня соурслист такой:

---

# See https://wiki.debian.org/SourcesList for more information.
deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm contrib main non-free non-free-firmware

deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-updates contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-updates contrib main non-free non-free-firmware

deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-proposed-updates contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-proposed-updates contrib main non-free non-free-firmware

deb https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-backports contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://ftp.debian.org/debian/ bookworm-backports contrib main non-free non-free-firmware

deb https://security.debian.org/debian-security/ bookworm-security contrib main non-free non-free-firmware
# deb-src https://security.debian.org/debian-security/ bookworm-security contrib main non-free non-free-firmware

---

Вообще этот адрес, полагаю, как-то связан с dssp. Я сам с программой не работал, это софт для биологии, обработки информации о белковых молекулах, если точнее. Есть в базовом репозитории Убунты, насчёт Дебиана- вроде нет.
https://laramatic.com/how-to-install-dssp-on-debian-ubuntu-kali-fedora-and-raspbian/
Его недавно на компьютер ставили, вероятно, он и может как-то быть связан с базой данных по протеинам, на которую идёт эта ссылка.
Больше ничего в этом направлении в голову не лезет.
Только, опять же, мне его не удалить, так как dpkg поломался, по сути, а без него я не знаю, как с пакетами разобраться.

При обновлении с прошлой версии Debian на новую вроде не просто "apt update && apt upgrade" делают, а "apt update && apt full-upgrade". Естественно резервная копия должна быть под рукой.

ЦитироватьВ source.list его нет, может попробовать оставить только main'ы без non-free?..

Не, не помогло, всё равно ничего не могу сделать, требует dpkg перезапустить, а он всё равно в эту ссылку упирается 
Собственно, и upgrade, и full-upgrade аналогично не срабатывают.

Цитата: nos от 19 января 2024, 16:45:05

ЦитироватьВ source.list его нет, может попробовать оставить только main'ы без non-free?..

Не, не помогло, всё равно ничего не могу сделать, требует dpkg перезапустить, а он всё равно в эту ссылку упирается 
Собственно, и upgrade, и full-upgrade аналогично не срабатывают.

А по пути /etc/apt/sources.list.d ничего нет? Там иногда дополнительные репозитории лежат.
ЗЫ: у меня вообще один репозирорий в sources.list коротенький:
deb https://deb.debian.org/debian unstable main contrib non-free non-free-firmware
Но то Debian Unstable.

Цитата: koshak83 от 19 января 2024, 16:53:23А по пути /etc/apt/sources.list.d ничего нет? Там иногда дополнительные репозитории лежат.

Есть парочка, но не то, вроде.
К Яндекс Диску, Латеху, JetBrains ещё - тут Пайчарм установлен.

После изменения в /etc/apt/sources.list нужно сначала сделать apt update

Если копию системы перед обновлением не делали, я бы переустановил раз там аж dpkg отвалился. Вообще настоятельно рекомендую перед обновлением использовать какой нибудь Timeshift для резервного копирования системы чтобы можно было откатиться.